Том Эллис — отец троих дочерей. С бывшей женой Тэмзин Аутуэйт, на которой Том был женат с 2006 по 2014 год, он воспитывает 12-летнюю Флоренс и 8-летнюю Марни. Также у актера есть 15-летняя дочь Нора от предыдущих отношений с Эстелль Морган.
Недавно Эллис пожаловался, что не видел своих детей уже 7 месяцев из-за того, что застрял в Лос-Анджелесе на фоне пандемии коронавируса и не мог поехать в Великобританию. В интервью Guardian Том сказал:
Это мучительно. Если их нет рядом, то будто отсутствует часть меня. Я пытаюсь сохранять позитивный настрой, пока мир вокруг рушится, но когда твои дети далеко от тебя и ты понятия не имеешь, когда увидишь их… Это просто… Ну вы поняли.
Актер, по его словам, планирует в скором времени увидеться с дочками, но ему придется «отсидеть» два карантина — по прибытии в Англию, а затем по возвращении в Америку, что, конечно, усложняет путешествие.
В прошлом году Том женился на Миган Оппенхаймер после четырех лет знакомства. Миган — сценарист, которая работала над фильмом 2015 года «128 ударов сердца в минуту», эпизодом сериала «Бойтесь ходячих мертвецов», а также сериалом Queen America.