Анна Хелен Пакуин (англ. Anna Helene Paquin) родилась 24 июля 1982 года в Виннипеге, Канада, в семье учителя английского языка Мэри Пакуин (девичья фамилия Брофи) из Новой Зеландии и Брайана Пакуина, учителя физкультуры из Канады. У Анны есть старший брат Эндрю и сестра Катя.

Семья Пакуин переехала в Новую Зеландию, когда Анне было четыре года. Она училась в школе Raphael House Rudolf Steiner до восьми или девяти лет. Она также брала уроки по игре на альте, виолончели и фортепиано. Она ходила на уроки гимнастики, балета, занималась плаванием и горными лыжами, но посвятила свою жизнь хобби, актерскому мастерству.
После развода родителей в 1995 Анна переехала с матерью в США, где получила диплом о среднем образовании в школе Windward в Лос-Анджелесе в 2000 году. Она поступила в Колумбийский университет, где проучилась один год, решив полностью сфокусироваться на актерской карьере.

Режиссер Джейн Кэмпион искала маленькую девочку на главной роль в фильме «Пианино», которые должны были сниматься в Новой Зеландии. В газете было размещено объявление об открытом катсинге. Сестра Пакуин прочитала его и решила вместе с подругой пробоваться на роль, с ними пошла и Анна. Когда режиссер встретила маленькую Пакуин, чей актёрский опыт ограничивался игрой в школьной постановке, она была так впечатлена исполненным диалогом девятилетней девочки, что выбрала ее из 5 000 кандидатов.

Когда в 1993 году «Пианино» вышло в прокат, все критики хвалили картину, и она занимала призовые места на всех кинофестивалях, а потом стала популярной уже среди широкой публики. Дебют Пакуин в кино принес ей Оскар за «Лучшую женскую роль второго плана» в 11 лет, что сделало ее второй самой молодой обладательницей золотой статуэтки после Татум О`Нил, получившей Оскар в 10 лет за фильм «Бумажная луна».

Изначально фильм «Пианино» был независимым кино, и не ожидалось, что он будет так широко известен, и семья Пакуин не планировала дальше вращаться кинокругах, однако Анна была приглашена в агентство William Morris, где она продолжала получать предложения сняться в кино. Она постоянно отказывалась ролей, но снялась в трех рекламных роликах для телефонной кампании MCI в 1994 году. Позже она снялась в серии телевизионной рекламы для Manitoba Telecom Systems в родном городе Виннипега.

В 1996 года она появилась в двух фильмах. Первой ролью была роль молодой Джейн в фильме «Джейн Эйр». Другой бала главная роль в ленте «Летите домой», она играла девочку, которая после смерти своей матери переезжает жить к отцу и находит утешение в заботе за осиротевшими гусятами. В подростковом возрасте она снялась в фильмах «Прогулка по Луне», «Это всё она», «Амистад», « Почти знаменит».
Мировая известность вернулась к Пакуин после роли мутанта Роуг в фильме «Люди Икс» (2000), «Люди Икс 2» (2003) и «Люди Икс: Последняя битва» (2006).

В 2008 году Анна получила роль официантки Сьюки Стэкхаус в сериале HBO «Настоящая кровь», это был ее дебют на телевидении. Шоу основано на серии книг Шарлин Харрис. Во время работы в сериале актриса начала встречаться с исполнителем главной роли Стивеном Мойером, за которого в 21 августа 2010 года вышла замуж. У пары в сентябре 2012 года рождаются близнецы: сын Чарли и дочь Поппи. Анна также воспитывает сына Мойера  от первого брака Билли и дочь Лилак.